本リンク集では、各サブ課題で用いる研究手法において、よく利用されているソフトウェア、データベース、ウェブツール、解説記事などをまとめています。異分野が融合した研究を行うために必要な情報を効率よく収集し、交流と知識の共有を深めることを目的としています。
Cryo-electron microscopy (cryo-EM)
- Software
- Database
Nuclear magnetic resonance spectroscopy (NMR)
- Data processing
- Spectral Analysis
- Structure calculation
- Structure evaluation
- Chemical shift prediction from structure
- Automated signal assignment
- Relaxation Analysis
- Database
X-ray crystallography
- Synchrotron radiation facilities
- Software
- Model building
- Structure evaluation
- Database
Small angle X-ray scattering (SAXS)
- Small angle X-ray scattering (SAXS)
- Software
Protein structure prediction
- AlphaFold2
- RossetaFold
Molecular dynamics (MD) simulation
- MD software
- Force Field
- Special purpose super-computer
- Analysis tools
- Visualization tools
- MD tutorials
- Web server
- Database
- Simulation movies (YouTube)